Не, вы оформите решение о создании подразделения задним числом, а его регистрацию в налоговой уже сейчас делаете, оштрафуют за пропуск срока регистрации, но может повезет и не оштрафуют . А затраты/НДС по аренде оставляете, т.к. поразделение вас оформлено когда надо, но вот налоговую вы уведомить об этом на минуточку забыли