Если хотите чтобы ребенок был гражданином РФ, то регистрировать рождение и также ходатайствовать о гражданстве РФ ребенку нужно будет в консульстве РФ на Украине. Т.к. ребенок будет пересекать границу вместе с обоими родителями, то проблем с пограничниками быть не должно, если Вы в консульстве или посольстве оформите свидетельство о рождении ребенка и гражданство.