Вы проверяли лямблии/глисты и т.п.? Я понимаю, что инфекционист смотрел, но... А мазок на вирусы из носоглотки брали? А на бактерии с чувствительностью к антибиотикам и бактериофагам?
На сейчас. Попробуйте укладывать его спать на высокую подушку (вплоть до положения "полусидя"). Увлажняйте помещение (если нет увлажнителя, то можно завешать батареи и спинки кровати влажными махровыми полотенцами).