Хламидиоз однозначно нужно лечить. Очень вероятно, что он причина плохой морфологии. Если не доверяете этому врачу сходите к другому. Еще почитайте вот эту статью , не раз здесь упоминаемого Живова. Думаю, она должна прояснить вопрос о длительности лечения.