Littleone: постоянный ВНЖ в Эстонии, загранпаспорт РФ и внутренний паспорт в Питере

\\1. при въезде в РФ должен ли я оформлять миграционную карту (въезжаю на длительный срок) или регистрацию поставят по месту оформления временной регистрации в какой-то "свой" отдельный бланк?\\

Вы будете въезжать как гражданин России?
Тогда какая миграционная карта то? Для граждан России не нужны миграционные карты при въезде в Россию. Они - для иностранцев. Если бедете въезжать с визой ( или бех) как иностранец, тогда нужна миграционка.

\\2. при получении внутреннего паспорта РФ и постоянной регистрации в Петербурге у меня заберут загранпаспорт? \\\

Думаю нет. Потому что паспорт действительный. если заберут, то только на время. Но потверждением вашего гражданства РФ будет не ваш паспорт, а будет посылаться запрос в русское консульство в Эстонии. После этого только будет и прописка и все остальное ( даже временная по-моему).

\\\Потеряю ли я постоянный ВНЖ в Эстонии?\\\

А как это связано? А кто вам говорит показывать где-то ваш вид на жительство в Эстонии? Кому в России нужен этот виж на эительство. Я бы его спрятала и никому не показывала.

\\\3. какие отметки в паспортах и в каком порядке нужно ставить/аннулировать? нужно ли, к примеру, перед выездом в РФ сниматься с консульского учета и нужно ли вообще при получении загранпаспорта на этот учет становиться?\\\

Зачем вам становиться то? Чтоб сняться снова?
Обычно становятся не все, а только некоторые. И вообще это практически ничем не грозит, только вроде что легче переоформить документы ( например загранпаспорт, елси тот просррочен).
Не хотите - не вставайте на учет. насколько я знаю.