У меня была та же проблема. Весной отказали в приеме документов, тетенька показала мне какое-то их распоряжение с примерами фотографий, которые "не пройдут". У меня действительно печать довольно сильно на лицо заходила. И та же тетенька сказала мне так сочувственно, что, по идее, если даже они мне визу выдадут, то меня могут не пропустить в Финляндию на границе, т.к. "у них там такое же распоряжение лежит". Мне тогда пришлось переделывать паспорт - у него, правда, срок действия меньше года оставался.
Моя сестра недавно получила визу - у нее печать заходила на подбородок, но не придрались. На границе у нее тоже проблем не было.