Думаю, должны все выплатить по заявлению типа: "Прошу выплатить мне компенсацию за неотгулянный отпуск за такой-то год..." По закону должны... А на практике, конечно, по-разному бывает.

Я когда в свою бухгалтерию обратилась с вопросом, можно ли мне отпуск после декрета оформить (то есть еще + месяцок оплатить) они тоже в прострацию впали, что-то выясняли пару дней, но в результате согласились...