Я думаю, все будет нормально. Если быстро не вынуть деньги из банкомата, они втягиваются обратно в банкомат и сбрасываются в режект. По контрольной ленте банкомата можно определить, по какой именно операции деньги сбросились.

Напишете заявление, после инкассации банкомата деньги изымут из режекта, банк убедится, что там вся сумма и их вернут вам на счет. Это достаточно стандартная процедура. Но в любом случае придется подождать, пока банкомат проинкассируют.