Когда я заполняла анкету, то спрашивала, как написать. Мне сказали, пишите как хотите, сейчас это не имеет значения (ну если задуматься, то действительно, какая разница, город-то один и тот же, от этого ничего не меняется). Я написала Санкт-Петербург, потому что мне так больше нравится.