Да, если жильё находилось в собственности менее 3- х лет и его цена, что указана в договоре, более 1 млн. руб., то налог = 13% с суммы, превышающей 1 миллион.
Как не платить? Указывать в договоре сумму меньше миллина. Реальная же сумма будет в расписках.
Есть ещё вариант. Разбить собственность на две или несколько долей, так, чтобы каждая доля получилась меньше миллиона. Тогда не надо будет ничего платить.