Я очень надеюсь, что ни один учитель моих детей не позволит себе такого, что позволяете себе вы. Иначе мне придётся вмешиваться, боюсь быть несдержанной... Определять на глаз есть ли у девочки в данный день месячные (она свой календарик заранее сдавать должна или предупреждать перед началом урока?) или ей просто в туалет захотелось? А уж если мальчик - то вообще потерпишь? На мой взгляд препятствовать отправлению естественных физиологических потребностей у детей - это насилие, никаких других подходящих слов подобрать не могу, уж простите.
Большинство подростков и сами прекрасно потерпят до конца урока, но если уж он поднял руку и попросил выйти - не выпустить? Я сама в школе училась, ни один учитель не позволял себе такого... Кроме той физкультурницы, но она недолго проработала, к счастью.

"С другой стороны, действительно, подростки часто под предлогом "туалета" прогуливают уроки"

Оль, что серьёзно? Действительно часто? А не проще просто не идти на урок? А куда вещи, рюкзак, учебники-тетрадки, не с ними же ребёнок в туалет выходит?

"Но когда мальчик (реже девочка) (у меня только классы 9,10,11) демонстративно пол-урока ноет, не выпущу. Иначе нытье продолжится у меня же на следующем уроке." - это ж как ребёнку должно быть неинтересно на уроке, чтобы он таким способом его срывал?..