Первичный - это острый пиелонефрит, развившийся в морфологически и функционально неизмененной почке (в ранее здоровой).
Вторичный (обычно хронический) развивается в "патологической" почке, например на фоне нарушения оттока мочи при МКБ, пузырно-мочеточниковах рефлюксах, гидронефрозе,других аномалиях развития уже как осложнение этих, первичных болезней.

Так что если есть какие-то морфологические или функциональные нарушения, то на этой, "подготовленной" почке сразу развивается вторичный пиелонефрит, без первичного.