Вы проверяли лямблии/глисты и т.п.? Я понимаю, что инфекционист смотрел, но...
А мазок на вирусы из носоглотки брали? А на бактерии с чувствительностью к антибиотикам и бактериофагам?

На сейчас. Попробуйте укладывать его спать на высокую подушку (вплоть до положения "полусидя"). Увлажняйте помещение (если нет увлажнителя, то можно завешать батареи и спинки кровати влажными махровыми полотенцами).

Удачи Вам. Бедный малышик...