Мне кажется, что он чего-то боится. Когда малыши лежат на животе, они полностью расслаблены. А тут он сжимается у вас весь, как я понимаю. Может, какие-то мышцы в гипертонусе. Или правда - скованность от страха.
Попробуйте положить его в пелёнку, как в гамак. Посмотреть, расслабиться ли он, а потом так опустить в воду. Одному, конечно, так делать не стоит, но с чьей-то помощью... Надеюсь, что постепенно малыш привыкнет.

Удачи!