Фу, какая гадость, судя по описанию! Ни за что бы не стала так оставлять их в аквариуме. А между прочим глисты у рыб бывают, очень похожие по Вашему описанию, но правда у больших, у гуппи вряд ли.
Можно попробовать избавиться от них с помощью специальной аквариумной химии. Все-таки перемывать весь аквариум это очень утомительно, да биобалланс опять придется по новой устанавливать.
Я пользуюсь Tetra. для разных случаев.
Возможно тут подойдет препарат ZMF LIMNACID от Tetra,
посмотрите информацию тут, что именно Вам подойдет:
http://www.zoospravka.ru/foraqua/MedAqua/tetramed.htm#ZMF%20GYROTOX
В хороших крупных магазинах это все есть.
Довольно большой выбор кормов и препаратов Tetra видела во Владимирском Пассаже (в на -1 этаже большой Зоомагазин).